Depuis 2005, le Préfet de région, Bertrand Landrieu, a remis au premier ministre deux rapports sur les perspectives de développement d'aménagement et de gouvernance du territoire de Massy-Palaiseau-Saclay-Versailles-Saint-Quentin en Yvelines.

Le 6 mars 2006, le Comité Interministériel d'Aménagement et de Compétitivité des Territoires (CIACT) a acté la mise en place d'une opération d'intérêt nationale (OIN).

Une mission de préfiguration de l'OIN a ainsi été mise en place sous la direction de Jean-Pierre DUFAY.

- 14 octobre 2008 : la communauté de Versailles Grand Parc a élaboré un document "le projet de territoire d'excellence du Sud Ouest Parisien" dans lequel figure la position des élus de Versailles Grand Parc sur l'OIN.

- 24 octobre 2008 : monsieur Christian Blanc a présenté le projet de recours à l'outil juridique de l'OIN pour le développement d'un cluster scientifique et technologique sur le plateau de Saclay.

- 3 mars 2009 : décret inscrivant les opérations d'aménagement du Plateau de Saclay parmi les Opérations d'Intérêt National mentionnées à l'article R 121-4-1 du code de l'urbanisme.

- 12 mars 2009 : Réponse du Chef de Cabinet du Président de la République au courrier de monsieur le maire du 6 février 2009 sur la motion OIN.
Il est stipulé les points suivants :
Une concertation sera poursuivie avec les collectivités concernées par cette opération.
Les activités agricoles continueront à trouver la place qui leur revient dans le projet.
Enfin, la création d'un établissement public scientifique qui garantira la dialogue entre l'Etat et les collectivités et la préservation de l'intérêt général.

Le 6 novembre 2008, le maire des Loges en josas s'est rendu à la Mission de préfiguration où le périmètre opérationnel de l'OIN lui a été présenté. Suite à cette entrevue, le maire a adressé un courrier à monsieur Dufay, directeur de la Mission. Ses remarques portent essentiellement sur la concertation jugée trop rapide pour être efficace. Il a aussi été demandé une cartographie précise afin que les élus, les habitants et les associations puissent avoir le même niveau d'information.

Une avancée importante a été réalisée dans l'évolution des objectifs de l'OIN : la suppression de l'A 126 sur le Plateau de Sclay, l'abandon de la construction de 150 000 logements, la "sanctarisation" des terres agricoles, une priorité donnée aux transports en commun...

Si la commune adhère aux objectifs de la recherche et de l'enseignement supérieur, elle émet encore des réserves sur le périmètre opérationnel. Elle demande notamment : la création d'un décret spécifique pour protéger 2 300 ha de terres agricoles et que le périmètre classé de la Vallée de la Bièvre soit exclu du périmètre de l'OIN. Une motion votée le 15 décembre 2008 par le conseil municipal a été adressée à monsieur Christian Blanc.